Если квартира принадлежала физическому лицу (независимо от изменения состава собственников квартиры и размера долей в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доходы, полученные налогоплательщиком от продажи квартиры, не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Об этом Письмо Минфина России от 24.07.2013 N 03-04-05/29162.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при определении размера налоговой базы налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
При этом согласно ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее - Гражданский кодекс) изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
В связи с этим моментом возникновения права собственности у налогоплательщика на квартиру является не дата получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников и размера долей в праве собственности на квартиру, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности.
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.