При получении собственником дохода от продажи квартиры, пропорционального его доле в праве собственности на квартиру, он имеет право на получение имущественного налогового вычета, установленного пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ, в размере, пропорциональном его доле в этой квартире, то есть 1/2 от 1 000 000 руб. Сумма дохода, превышающая сумму примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.
Об этом Письмо Минфина России от 10.07.2013 N 03-04-05/26832.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при определении размера налоговой базы налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Согласно абз. 3 пп. 1 п. 1 ст. 220 Кодекса при реализации имущества, находящегося в общей долевой собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета, исчисленного в соответствии с указанным подпунктом, распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле.