При получении налогоплательщиком дохода от продажи квартиры он имеет право на получение имущественного налогового вычета, установленного пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ, в размере, пропорциональном его доле в праве собственности на эту квартиру, то есть 1/2 от 1 000 000 руб.
Об этом Письмо Минфина РФ от 07.12.2011 N 03-04-05/5-1011.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов, в частности, в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Абзацем 3 пп. 1 п. 1 ст. 220 Кодекса определено, что при реализации имущества, находящегося в общей долевой собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета, исчисленного в соответствии с указанным подпунктом, распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле.