В отношении фармацевтических субстанций пониженная ставка налога на добавленную стоимость без наличия регистрационного удостоверения не применяется.
Об этом Письмо Минфина России от 29.06.2012 N 03-07-07/61.
Согласно пп. 4 п. 2 и п. 5 ст. 164 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Налогового кодекса Российской Федерации операции по ввозу и реализации лекарственных средств, включая лекарственные средства, предназначенные для проведения клинических исследований, лекарственные субстанции, в том числе внутриаптечного изготовления, подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость по ставке в размере 10 процентов по перечню, установленному Правительством Российской Федерации.
Перечни кодов видов указанных лекарственных средств в соответствии с Общероссийским классификатором продукции (ОК 005-93) и Товарной номенклатурой внешнеэкономической деятельности (ТН ВЭД) утверждены Постановлением Правительства Российской Федерации от 15.09.2008 N 688. При этом примечанием N 1 к данным Перечням установлено, что приведенные в них коды применяются в том числе в отношении фармацевтических субстанций российского и иностранного производства, которые зарегистрированы в установленном порядке и на которые имеются регистрационные удостоверения.