Сумма дохода, полученная от продажи квартиры, превышающая размер примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13%.
Об этом Письмо Минфина России от 15.01.2013 N 03-04-05/7-21.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в сумме, полученной налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающей в целом 1 000 000 руб.
Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного данным подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
Сумма дохода, полученная от продажи квартиры, превышающая размер примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.