Если территория организации располагается на территориях двух муниципальных образований и имеет два адреса, то считается, что организация имеет обособленной подразделение и должна встать на учет, уплачивать НДФЛ в налоговом органе по месту нахождения подразделения.
Об этом Письмо Минфина РФ от 20.11.2008 N 03-02-07/1-469.
Для целей Налогового кодекса (далее Кодекс) и иных актов законодательства о налогах и сборах обособленным подразделением организации в силу п. 2 ст. 11 Кодекса признается любое территориально обособленное от этой организации подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места. При этом рабочее место считается стационарным, если оно создается на срок более одного месяца, а местом нахождения обособленного подразделения российской организации признается место осуществления этой организацией деятельности через свое обособленное подразделение.
Статьей 209 Трудового кодекса Российской Федерации установлено, что рабочее место - место, где работник должен находиться или куда ему необходимо прибыть в связи с его работой и которое прямо или косвенно находится под контролем работодателя.
Согласно п. 2 ст. 54 Гражданского кодекса Российской Федерации место нахождения юридического лица определяется местом его государственной регистрации. Государственная регистрация юридического лица осуществляется по месту нахождения его постоянно действующего исполнительного органа, а в случае отсутствия постоянно действующего исполнительного органа - иного органа или лица, имеющих право действовать от имени юридического лица без доверенности. В соответствии с пп. ''в'' п. 1 ст. 5 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ ''О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей'' в Едином государственном реестре юридических лиц содержатся сведения и документы о юридическом лице, в том числе адресе (месте нахождения) постоянно действующего исполнительного органа юридического лица (в случае отсутствия постоянно действующего исполнительного органа юридического лица - иного органа или лица, имеющих право действовать от имени юридического лица без доверенности), по которому осуществляется связь с юридическим лицом.
В соответствии с п. 1 ст. 83 Кодекса организация, в состав которой входят обособленные подразделения, расположенные на территории Российской Федерации, обязана встать на учет в налоговом органе по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, если эта организация не состоит на учете в налоговом органе по месту нахождения этого обособленного подразделения по основаниям, предусмотренным Кодексом.
В соответствии с п. 9 ст. 83 Кодекса в случае возникновения у налогоплательщиков затруднений с определением места постановки на учет решение на основе представленных ими данных принимается налоговым органом.
Пунктом 7 ст. 226 Кодекса на налоговых агентов, имеющих обособленные подразделения, возлагается обязанность перечисления исчисленных и удержанных сумм налога на доходы физических лиц как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащей налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.