С доходов индивидуального предпринимателя, оставшихся после уплаты налогов и перечисленных с расчетного счета индивидуального предпринимателя на его текущий счет как физического лица, уплачивать налог на доходы физических лиц не следует.
Об этом Письмо Минфина РФ от 03.02.2009 N 03-11-09/35.
В соответствии с п. 3 ст. 346.11 Налогового кодекса Российской Федерации применение упрощенной системы налогообложения индивидуальными предпринимателями предусматривает их освобождение, в частности, от обязанности по уплате налога на доходы физических лиц (в отношении доходов, полученных от предпринимательской деятельности).