Суммы налога на доходы физических лиц, удерживаемые из доходов, выплачиваемых за счет средств целевого финансирования, не рассматриваются как подлежащие налогообложению и не включаются в состав доходов при определении налоговой базы организацией, применяющей упрощенную систему налогообложения.
Об этом Письмо Минфина РФ от 20.01.2009 N 03-11-06/2/02.
В соответствии с п. 1 ст. 346.15 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при определении объекта налогообложения организациями, применяющими упрощенную систему налогообложения, не учитываются доходы, предусмотренные ст. 251 Кодекса.
В соответствии с пп. 14 п. 1 ст. 251 Кодекса в целях налогообложения прибыли не учитываются доходы в виде имущества, полученного налогоплательщиком в рамках целевого финансирования. При этом налогоплательщики, получившие средства целевого финансирования, обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования. При отсутствии такого учета у налогоплательщика, получившего средства целевого финансирования, указанные средства рассматриваются как подлежащие налогообложению с даты их получения.
Пунктом 5 ст. 346.11 Кодекса предусмотрено, что организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не освобождаются от исполнения обязанностей налоговых агентов, предусмотренных Кодексом.
Положениями ст. 226 Кодекса установлено, что налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.
Удержание у налогоплательщика начисленной суммы налога на доходы физических лиц производится налоговым агентом за счет любых денежных средств, выплачиваемых налоговым агентом налогоплательщику, при их фактической выплате, в том числе за счет средств целевого финансирования.