Организацией, применяющей упрощенную систему налогообложения и исполняющей обязанности экспедитора в рамках договора транспортной экспедиции, при определении налоговой базы учитываются суммы доходов в виде вознаграждения по договору, то есть без учета суммы возмещения затрат, осуществленных организацией-экспедитором за грузоотправителя или грузополучателя - клиента, в том числе и по договорам с другими организациями- экспедиторами. При этом, если организация-экспедитор оказывает клиенту дополнительные услуги (хранение груза, осуществление погрузочно-разгрузочных работ), плата за их выполнение включается в состав доходов.
Об этом Письмо Минфина РФ от 01.12.2009 N 03-11-06/2/252.
В соответствии со ст. 346.15 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщики, применяющие упрощенную систему налогообложения, учитывают доходы от реализации, определяемые в соответствии со ст. 249 Кодекса, и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. 250 Кодекса.
При определении объекта налогообложения не учитываются доходы, предусмотренные ст. 251 Кодекса.
В соответствии с пп. 9 п. 1 ст. 251 Кодекса не учитываются доходы, в частности, в виде имущества (включая денежные средства), поступившего комиссионеру (агенту и (или) поверенному) в связи с исполнением обязательств по договору комиссии (или другому аналогичному договору), а также в счет возмещения затрат, произведенных комиссионером (агентом и (или) поверенным) за комитента (принципала и (или) доверителя), если такие затраты не подлежат включению в состав расходов комиссионера, агента и (или) иного поверенного в соответствии с условиями заключенных договоров. К указанным доходам не относится комиссионное, агентское или иное аналогичное вознаграждение.
Согласно п. 1 ст. 801 Гражданского кодекса Российской Федерации по договору транспортной экспедиции одна сторона (экспедитор) обязуется за вознаграждение и за счет другой стороны (клиента - грузоотправителя или грузополучателя) выполнить или организовать выполнение услуг, связанных с перевозкой груза.