В случае если организация, применяющая упрощенную систему налогообложения, в добровольном порядке выставляет покупателям счета-фактуры с выделением в них налога на добавленную стоимость, то указанные суммы налога на добавленную стоимость, поступившие на ее расчетный счет (в кассу), не включаются в состав доходов при исчислении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением вышеуказанного специального налогового режима, при условии перечисления их в бюджет.
Об этом Письмо ФНС РФ от 26.07.2007 N 02-6-10/249.
В соответствии с п. 2 ст. 346.11 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с Кодексом при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации.
Согласно п. 1 ст. 346.15 при определении объекта налогообложения налогоплательщики, применяющие упрощенную систему налогообложения, учитывают доходы от реализации, определяемые в соответствии со ст. 249 Кодекса, а также внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. 250 Кодекса. При определении объекта налогообложения не учитываются доходы, предусмотренные ст. 251 Кодекса.
При этом п. 1 ст. 248 Кодекса, предусматривающим порядок определения доходов, предусмотренных ст. ст. 249 и 250 Кодекса, установлено, что при определении доходов из них исключаются суммы налогов, предъявленные в соответствии с Кодексом налогоплательщиком покупателю (приобретателю) товаров (работ, услуг, имущественных прав).