Имущество, передаваемое в оперативное управление государственному автономному учреждению учредителем и собственником имущества, не является амортизируемым имуществом, и, соответственно, стоимость данного имущества не учитывается в целях применения вышеуказанного ограничения по остаточной стоимости основных средств, предусмотренного пп. 16 п. 3 ст. 346.12 НК РФ.
Об этом Письмо Минфина РФ от 16.09.2010 N 03-11-06/2/144.
В соответствии с пп. 16 п. 3 ст. 346.12 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) не вправе применять упрощенную систему налогообложения организации, у которых остаточная стоимость основных средств и нематериальных активов, определяемая в соответствии с законодательством Российской Федерации о бухгалтерском учете, превышает 100 млн руб. В целях данного подпункта учитываются основные средства и нематериальные активы, которые подлежат амортизации и признаются амортизируемым имуществом в соответствии с гл. 25 Кодекса.
Согласно п. 1 ст. 256 Кодекса амортизируемым имуществом в целях гл. 25 Кодекса признаются имущество, результаты интеллектуальной деятельности и иные объекты интеллектуальной собственности, которые находятся у налогоплательщика на праве собственности (если иное не предусмотрено гл. 25 Кодекса), используются им для извлечения дохода и стоимость которых погашается путем начисления амортизации. Амортизируемым имуществом признается имущество со сроком полезного использования более 12 месяцев и первоначальной стоимостью более 20 000 руб.
В соответствии с п. 1 ст. 3 Федерального закона от 03.11.2006 N 174-ФЗ ''Об автономных учреждениях'' имущество автономного учреждения закрепляется за ним на праве оперативного управления в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации. Собственником имущества автономного учреждения является соответственно Российская Федерация, субъект Российской Федерации, муниципальное образование.