Если расходы, связанные с содержанием и развитием материально-технической базы, произведены бюджетным учреждением за счет бюджетных ассигнований, то в целях налогообложения прибыли указанные расходы не учитываются.
Об этом Письмо Минфина РФ от 21.09.2010 N 03-03-06/4/89.
В соответствии с ч. 11 ст. 5 Федерального закона от 26.04.2007 N 63-ФЗ ''О внесении изменений в Бюджетный кодекс Российской Федерации в части регулирования бюджетного процесса и приведении в соответствие с бюджетным законодательством Российской Федерации отдельных законодательных актов Российской Федерации'' до вступления в силу Федерального закона, определяющего особенности использования бюджетными учреждениями средств от оказания платных услуг, безвозмездных поступлений от физических и юридических лиц, международных организаций и правительств иностранных государств, в том числе добровольных пожертвований, и средств от иной приносящей доход деятельности, доходы от сдачи в аренду имущества, находящегося в федеральной собственности и переданного в оперативное управление федеральным бюджетным учреждениям культуры и искусства, здравоохранения, науки, образования, а также архивным учреждениям, отражаются на лицевых счетах указанных учреждений, открытых в органах Федерального казначейства, и направляются на содержание и развитие их материально-технической базы сверх бюджетных ассигнований, предусмотренных ведомственной структурой расходов федерального бюджета.
В соответствии с Приказом Министерства финансов Российской Федерации от 30.09.2008 N 104н ''О Порядке доведения бюджетных ассигнований, лимитов бюджетных обязательств при организации исполнения федерального бюджета по расходам и источникам финансирования дефицита федерального бюджета и передачи бюджетных ассигнований, лимитов бюджетных обязательств при реорганизации участников бюджетного процесса федерального уровня'' главные распорядители средств федерального бюджета доводят до находящихся в их ведении учреждений лимиты бюджетных обязательств за счет источника дополнительного бюджетного финансирования - арендной платы.
При этом ограничений для определения главными распорядителями бюджетных средств направлений указанных расходов бюджетным законодательством Российской Федерации не установлено.
В соответствии с гл. 25 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) бюджетные учреждения, получающие доходы от предпринимательской и иной деятельности, приносящей доход, являются плательщиками налога на прибыль организаций и определяют налоговую базу по налогу в порядке, установленном данной главой Кодекса.
Особенности ведения налогового учета бюджетными учреждениями установлены в ст. 321.1 Кодекса.
В соответствии с п. 1 ст. 321.1 Кодекса доходами бюджетных учреждений от коммерческой деятельности признаются доходы, получаемые от юридических и физических лиц по операциям реализации товаров, работ, услуг, имущественных прав, и внереализационные доходы.
Участие бюджетных учреждений в договорных отношениях, возникающих при передаче в пользование арендаторам имущества, находящегося в государственной собственности и переданного бюджетным учреждениям в оперативное управление, относится к коммерческой (приносящей доход) деятельности этих бюджетных учреждений.
Таким образом, доходы от сдачи в аренду имущества, находящегося в государственной или муниципальной собственности, закрепленного за бюджетными учреждениями на праве оперативного управления, в целях налогообложения прибыли являются доходами названных учреждений, передавших указанное имущество в аренду.
При этом, если указанные учреждения имеют право на дополнительное финансирование за счет арендных платежей, указанное финансирование учитывается в составе бюджетных ассигнований, выделяемых бюджетным учреждениям.
Согласно п. 2 ст. 321.1 Кодекса в составе доходов и расходов бюджетных учреждений, включаемых в налоговую базу, не учитываются доходы, полученные в виде средств целевого финансирования и целевых поступлений на содержание бюджетных учреждений и ведение уставной деятельности, финансируемой за счет указанных источников, и расходы, производимые за счет этих средств.