Положения Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Кипр об избежании двойного налогообложения в отношении налогов на доходы и капитал от 05.12.1998 не применяются, если суммы процентов и дивидендов, исчисленные в соответствии с правилами недостаточной капитализации, выплачиваются одной российской организацией другой российской организации. Налогообложение данного вида дохода регулируется только национальным налоговым законодательством Российской Федерации, то есть Налоговым кодексом Российской Федерации. Соответственно, положения п. 3 ст. 24 ''Недискриминация'' Соглашения применяются только к доходам иностранного лица, квалифицированным как проценты для целей Соглашения.
Об этом Письмо Минфина РФ от 10.11.2010 N 03-08-05.
В соответствии с п. 2 ст. 269 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) если налогоплательщик - российская организация имеет непогашенную задолженность по долговому обязательству перед иностранной организацией, прямо или косвенно владеющей более чем 20 процентами уставного (складочного) капитала (фонда) этой российской организации, либо по долговому обязательству перед российской организацией, признаваемой в соответствии с законодательством Российской Федерации аффилированным лицом указанной иностранной организации, а также по долговому обязательству, в отношении которого такое аффилированное лицо и (или) непосредственно эта иностранная организация выступают поручителем, гарантом или иным образом обязуются обеспечить исполнение долгового обязательства российской организации, и если размер такой контролируемой задолженности перед иностранной организацией более чем в 3 раза (для банков, а также для организаций, занимающихся исключительно лизинговой деятельностью, - более чем в 12,5 раза) превышает разницу между суммой активов и величиной обязательств налогоплательщика - российской организации, налогоплательщик обязан на последний день каждого отчетного (налогового) периода исчислять предельную величину признаваемых расходом процентов по контролируемой задолженности путем деления суммы процентов, начисленных налогоплательщиком в каждом отчетном (налоговом) периоде по контролируемой задолженности, на коэффициент капитализации, рассчитываемый на последнюю отчетную дату соответствующего отчетного (налогового) периода.
Таким образом, задолженность российской организации, более 20 процентами капитала которой косвенно владеют кипрские компании, перед своей материнской компанией - российской организацией, признаваемой в соответствии с законодательством Российской Федерации аффилированным лицом данных кипрских компаний, в целях налогообложения прибыли признается контролируемой задолженностью.
Следовательно, при выплате процентного дохода российской организацией (заемщиком) российской организации (кредитору) по такому долговому обязательству применяются положения п. 2 ст. 269 Кодекса, касающиеся правил недостаточной капитализации.
Согласно п. 4 ст. 269 Кодекса положительная разница между начисленными процентами и предельными процентами, исчисленными в соответствии с порядком, установленным п. 2 ст. 269 Кодекса, приравнивается в целях налогообложения к дивидендам и облагается налогом в соответствии с п. 3 ст. 284 Кодекса.
Процентный доход, выплачиваемый по договору займа, учитывается российской организацией - заимодателем в составе внереализационных доходов. Организация-заемщик вправе относить на расходы начисленные по займу проценты в порядке, предусмотренном ст. 269 Кодекса. Положительная разница между начисленными процентами и предельными процентами, исчисленными на основании порядка, установленного п. 2 ст. 269 Кодекса, приравнивается в целях налогообложения к дивидендам и не учитывается российской организацией - заемщиком в составе расходов. При этом следует учитывать, что налогообложение у источника доходов, выплачиваемых российским организациям в виде процентов по долговым обязательствам, оформленным договором займа с российскими организациями, Кодексом не предусмотрено.
Что касается положений ст. 10 ''Дивиденды'' и ст. 11 ''Проценты'' Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Кипр об избежании двойного налогообложения в отношении налогов на доходы и капитал от 05.12.1998 (далее - Соглашение), то данные положения применяются только к лицам, имеющим фактическое право на проценты и дивиденды и являющимся налоговыми резидентами Кипра.
Относительно порядка применения положений п. 4 ст. 24 ''Недискриминация'' Соглашения сообщаем, что положение данного пункта , согласно которому предприятия договаривающегося государства (в данном случае - России), отвечающие условиям п. 4 ст. 24 Соглашения, не должны подлежать в этом государстве налогообложению или любому связанному с ним требованию, иному или более обременительному, чем налогообложение и связанные с ним требования, которым подвергаются или могут подвергаться другие подобные предприятия этого государства, означает, что ко всем без исключения российским организациям, подпадающим под действие п. 2 ст. 269 Кодекса (то есть подобным предприятиям без учета страны - резидентства участника (акционера) данной российской компании), применяются правила недостаточной капитализации.
Что касается определения доли косвенного участия одной организации в уставном капитале другой организации через уставные капиталы третьих организаций, то в соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 20 Кодекса доля косвенного участия одной организации в другой через последовательность иных организаций определяется в виде произведения долей непосредственного участия организаций этой последовательности одна в другой.