В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 12.05.2008 N 724 утверждена структура федеральных органов исполнительной власти, согласно которой учреждения и унитарные предприятия, подведомственные федеральным органам исполнительной власти, не относятся к федеральным органам исполнительной власти.
Об этом Письмо Минфина РФ от 17.12.2010 N 03-05-04-03/129.
В силу пп. 4 п. 1 ст. 333.35 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) от уплаты государственной пошлины освобождаются федеральные органы государственной власти, органы государственной власти субъектов Российской Федерации и органы местного самоуправления при их обращении за совершением юридически значимых действий, установленных гл. 25.3 Кодекса, за исключением случаев, предусмотренных пп. 124 п. 1 ст. 333.33 данного Кодекса.
На основании п. 48 ст. 2 Федерального закона от 12.06.2002 N 67-ФЗ ''Об основных гарантиях избирательных прав и права на участие в референдуме граждан Российской Федерации'' органы государственной власти федеральные (федеральные органы государственной власти) - Президент Российской Федерации, Государственная Дума Федерального Собрания Российской Федерации, иные федеральные органы государственной власти, предусмотренные Конституцией Российской Федерации и избираемые непосредственно гражданами Российской Федерации в соответствии с Конституцией Российской Федерации, федеральными законами.
Согласно ст. ст. 10 и 11 Конституции Российской Федерации государственная власть в Российской Федерации осуществляется на основе разделения на законодательную, исполнительную и судебную, при этом органы законодательной, исполнительной и судебной власти самостоятельны. Государственную власть в Российской Федерации осуществляют Президент Российской Федерации, Федеральное Собрание (Совет Федерации и Государственная Дума), Правительство Российской Федерации, суды Российской Федерации. Государственную власть в субъектах Российской Федерации осуществляют образуемые ими органы государственной власти.
В соответствии со ст. 112 Конституции Российской Федерации структуру федеральных органов исполнительной власти утверждает Президент Российской Федерации.
Так, согласно п. 1 Указа Президента Российской Федерации от 09.03.2004 N 314 ''О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти'' в систему федеральных органов исполнительной власти входят федеральные министерства, федеральные службы и федеральные агентства.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 12.05.2008 N 724 ''Вопросы системы и структуры федеральных органов исполнительной власти'' утверждена структура федеральных органов исполнительной власти, согласно которой учреждения и унитарные предприятия, подведомственные федеральным органам исполнительной власти, не относятся к федеральным органам исполнительной власти.
В связи с этим положение пп. 4 п. 1 ст. 333.35 Кодекса на учреждения и унитарные предприятия, подведомственные федеральным органам исполнительной власти, не распространяется.