При продаже в одном налоговом периоде двух квартир, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, налогоплательщик вправе воспользоваться имущественным налоговым вычетом в сумме, полученной от продажи квартиры, в размере до 1 000 000 руб. и одновременно уменьшить сумму облагаемого налогом дохода от продажи другой квартиры на сумму документально подтвержденных расходов, связанных с ее приобретением.
Об этом Письмо Минфина РФ от 05.04.2011 N 03-04-05/9-219.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов, в частности, в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного данным подпунктом , налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
При этом в соответствии с абз. 24 пп. 2 п. 1 ст. 220 Кодекса имущественный налоговый вычет при приобретении квартиры предоставляется налогоплательщику на основании письменного заявления, а также платежных документов, оформленных в установленном порядке и подтверждающих факт уплаты денежных средств налогоплательщиком по произведенным расходам (квитанции к приходным ордерам, банковские выписки о перечислении денежных средств со счета покупателя на счет продавца, товарные и кассовые чеки).
В случае если платежные документы налогоплательщиком были утеряны, он вправе обратиться в суд для установления факта оплаты стоимости квартиры.