При заключении организацией с физическим лицом гражданско-правовых договоров в отдельные месяцы налогового периода стандартные налоговые вычеты предоставляются данному физическому лицу только за те месяцы, в которых действовали указанные договоры.
Об этом Письмо Минфина РФ от 07.04.2011 N 03-04-06/10-81.
В соответствии с п. 3 ст. 210 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) для доходов, в отношении которых предусмотрена налоговая ставка в размере 13 процентов, установленная п. 1 ст. 224 Кодекса, налоговая база определяется как денежное выражение таких доходов, подлежащих налогообложению, уменьшенных на сумму налоговых вычетов, предусмотренных ст. ст. 218 - 221 Кодекса.
В частности, согласно пп. 3 п. 1 ст. 218 Кодекса при определении размера налоговой базы налогоплательщик имеет право на получение налогового вычета в размере 400 руб. за каждый месяц налогового периода. Указанный вычет действует до месяца, в котором доход налогоплательщика, исчисленный нарастающим итогом с начала налогового периода (в отношении которого предусмотрена налоговая ставка в размере 13 процентов, установленная п. 1 ст. 224 Кодекса) налоговым агентом, предоставляющим данный стандартный налоговый вычет, не превысил 40 000 руб. Начиная с месяца, в котором указанный доход превысил 40 000 руб., налоговый вычет, предусмотренный пп. 3 п. 1 ст. 218 Кодекса, не применяется.
На основании п. 1 ст. 226 Кодекса российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в п. 2 данной статьи , обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 Кодекса.
Таким образом, при заключении гражданско-правовых договоров на определенный срок организация, выплачивающая доходы по указанным договорам физическому лицу, является налоговым агентом для данного налогоплательщика только в период действия таких договоров и, соответственно, налоговая база по налогу на доходы физических лиц формируется только в эти периоды.