Имущество автономного учреждения, полученное от собственника в оперативное управление для осуществления уставной деятельности, в целях применения гл. 25 НК РФ амортизации не подлежит и, соответственно, стоимость данного имущества не учитывается в целях применения ограничения, предусмотренного пп. 16 п. 3 ст. 346.12 НК РФ.
Об этом Письмо Минфина РФ от 09.08.2011 N 03-11-06/2/116.
Согласно пп. 16 п. 3 ст. 346.12 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) не вправе применять упрощенную систему налогообложения организации, у которых остаточная стоимость основных средств и нематериальных активов, определяемая в соответствии с законодательством Российской Федерации о бухгалтерском учете, превышает 100 млн руб. В целях применения данного подпункта учитываются основные средства и нематериальные активы, которые подлежат амортизации и признаются амортизируемым имуществом в соответствии с гл. 25 Кодекса.
Пунктом 1 ст. 256 Кодекса установлено, что амортизируемым имуществом в целях применения гл. 25 Кодекса признаются имущество, результаты интеллектуальной деятельности и иные объекты интеллектуальной собственности, которые находятся у налогоплательщика на праве собственности (если иное не предусмотрено данной главой Кодекса), используются им для извлечения дохода и стоимость которых погашается путем начисления амортизации. Амортизируемым имуществом признается имущество со сроком полезного использования более 12 месяцев и первоначальной стоимостью более 40 000 руб.
В соответствии с пп. 2 п. 2 ст. 256 Кодекса не подлежит амортизации амортизируемое имущество некоммерческих организаций, полученное в качестве целевых поступлений.
При этом согласно пп. 7 п. 2 ст. 251 Кодекса целевыми поступлениями признаются использованные по целевому назначению поступления от собственников созданными ими учреждениями.