Автономное учреждение не является бюджетным учреждением. Поэтому ограничение для применения упрощенной системы налогообложения, установленное пп. 17 п. 3 ст. 346.12 Налогового кодекса Российской Федерации в отношении казенных и бюджетных учреждений, к автономным учреждениям не применяется.
Об этом Письмо Минфина РФ от 07.10.2011 N 03-11-06/2/140.
В соответствии с п. 1 ст. 120 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее - ГК РФ) учреждением признается некоммерческая организация, созданная собственником для осуществления управленческих, социально-культурных или иных функций некоммерческого характера. Права учреждения на закрепленное за ним имущество определяются в соответствии со ст. 296 ГК РФ.
Учреждение может быть создано гражданином или юридическим лицом (частное учреждение) либо соответственно Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации, муниципальным образованием (государственное или муниципальное учреждение).
Государственное или муниципальное учреждение может быть казенным, бюджетным или автономным учреждением.
Особенности правового положения отдельных видов государственных и иных учреждений определяются законом и иными правовыми актами.
Так, в силу положений ст. 6 Бюджетного кодекса Российской Федерации казенное учреждение - государственное (муниципальное) учреждение, осуществляющее оказание государственных (муниципальных) услуг, выполнение работ и (или) исполнение государственных (муниципальных) функций в целях обеспечения реализации предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий органов государственной власти (государственных органов) или органов местного самоуправления, финансовое обеспечение деятельности которого
осуществляется за счет средств соответствующего бюджета на основании бюджетной сметы.
Бюджетным учреждением признается некоммерческая организация, созданная Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в целях обеспечения реализации предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий соответственно органов государственной власти (государственных органов) или органов местного самоуправления в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта, а также в иных сферах ( п. 1 ст. 9.2 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ ''О некоммерческих организациях'').
Автономное учреждение представляет собой некоммерческую организацию, созданную Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в целях осуществления предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий органов государственной власти, полномочий органов местного самоуправления в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта, а также в иных сферах ( п. 1 ст. 2 Федерального закона от 03.11.2006 N 174-ФЗ ''Об автономных учреждениях'' (далее - Закон об автономных учреждениях)).
В соответствии со ст. 6 Закона об автономных учреждениях учредителем автономного учреждения является государство (в лице Российской Федерации или субъекта Российской Федерации) или муниципальное образование.
