Если выпуск эмиссионных ценных бумаг с обязательным централизованным хранением осуществлен до 1 января 2012 г., то в общем порядке у депозитария, участвующего в сборе списков (в том числе у выбранного эмитентом платежного агента), не возникает обязанностей налогового агента в отношении выплачиваемых сумм процентного дохода по таким ценным бумагам. В указанном случае налог должен быть исчислен и удержан эмитентом облигаций, в том числе и с физических лиц, резидентов и нерезидентов Российской Федерации. такое разъяснение дал Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ в Письме от 26 ноября 2014 г. № 03-08-13/60311 в отношении порядка налогообложения доходов физических лиц по эмиссионным ценным бумагам.
Федеральным законом от 3 июня 2011 г. N 122-ФЗ ''О внесении изменений в Федеральный закон ''О рынке ценных бумаг'' и статьи 214.1 и 310 части второй Налогового кодекса Российской Федерации'' (далее - Закон N 122-ФЗ) внесены существенные изменения в Федеральный закон от 22 апреля 1996 г. N 39-ФЗ ''О рынке ценных бумаг'' (далее - Закон N 39-ФЗ). В соответствии с положениями статьи 7 Закона N 39-ФЗ с 1 января 2012 г. депозитарии, осуществляющие учет прав на эмиссионные ценные бумаги с обязательным централизованным хранением, обязаны оказывать своим депонентам услуги, связанные с получением доходов по ценным бумагам и иных причитающихся владельцам ценных бумаг выплат. Кроме того, статьей 7.1 Закона N 39-ФЗ установлены особенности получения выплат по эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением, причитающихся владельцам таких ценных бумаг (с применением так называемого ''каскадного'' принципа).
Согласно статье 128 Гражданского кодекса Российской Федерации ценная бумага, в том числе бездокументарная ценная бумага, является объектом гражданского права. В соответствии с пунктом 1 статьи 4 Гражданского кодекса Российской Федерации акты гражданского законодательства не имеют обратной силы и применяются к отношениям, возникшим после введения их в действие. Действие закона распространяется на отношения, возникшие до введения его в действие, только в случаях, когда это прямо предусмотрено законом. Положения Закона N 122-ФЗ не имеют обратной силы и подлежат применению к отношениям, возникшим после введения его в действие.
С 1 января 2012 г. были также внесены соответствующие дополнения в статью 214.1 Кодекса (согласно Федеральному закону от 2 ноября 2013 г. N 306-ФЗ утратил силу пункт 18 статьи 214.1 Кодекса). Согласно новым положениям депозитарии, ведущие учет прав на эмиссионные ценные бумаги с обязательным централизованным хранением, при выплате доходов признаются налоговыми агентами для физических лиц. Причем налоговыми агентами признаются депозитарии, перечисляющие владельцам ценных бумаг выплаты по федеральным государственным эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением независимо от даты регистрации их выпуска, по иным эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением - только в отношении выпусков, государственная регистрация которых или присвоение идентификационного номера которым осуществлены после 1 января 2012 г.
Вместе с тем необходимо учитывать, что ''каскадный'' принцип выплат и, соответственно, соответствующая схема налогообложения не могут быть применены в отношении дохода по эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением, выпущенным российскими организациями, выпуск (государственная регистрация) которых или присвоение идентификационного номера которым осуществлены до 1 января 2012 года.
Для указанных выше ценных бумаг выполнение обязанностей налогового агента согласно статье 226 и статье 226.1 Кодекса продолжает осуществлять эмитент облигаций, проводящий выплату процентного дохода напрямую налогоплательщику или через своих платежных агентов по реквизитам, представленным в собранных для проведения выплаты списках владельцев ценных бумаг.
