При совершении операций с ценными бумагами налогоплательщик должен вести их учет по каждому эмитенту, в разрезе ценных бумаг данного эмитента - по каждому виду ценных бумаг, в разрезе каждого вида ценных бумаг - по каждой их категории.
Об этом Письмо Минфина РФ от 24.12.2007 N 03-03-06/2/236.
Согласно положениям ст. ст. 280 и 329 Налогового кодекса Российской Федерации в целях налогообложения прибыли при приобретении и реализации ценных бумаг расходом признается цена приобретения реализованных ценных бумаг, рассчитанная с учетом установленного налогоплательщиком метода учета ценных бумаг (ФИФО, ЛИФО, по стоимости единицы).
Причем один из указанных методов реализации ценных бумаг налогоплательщик выбирает самостоятельно в соответствии с принятой в целях налогообложения учетной политикой.
Метод ФИФО или ЛИФО используется только в отношении аналогичных эмиссионных ценных бумаг, то есть эмиссионных ценных бумаг, к которым применима одна рыночная котировка (средневзвешенная цена бумаг).
Выбранный метод учета стоимости ценных бумаг закрепляется организацией в учетной политике для целей налогообложения прибыли и применяется в отношении всех ценных бумаг при их приобретении и реализации (ином выбытии) на протяжении длительного периода времени.