Зачет может быть осуществлен только в отношении суммы государственной пошлины, уплаченной в размере, превышающем размер государственной пошлины, установленный гл. 25.3 ''Государственная пошлина'' НК РФ.
Об этом Письмо Минфина России от 15.11.2012 N 03-05-04-03/91.
Порядок выдачи лицензий на розничную продажу алкогольной продукции установлен ст. 19 Федерального закона от 22.11.1995 N 171-ФЗ ''О государственном регулировании производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции и об ограничении потребления (распития) алкогольной продукции''.
Согласно пп. 6 п. 1 ст. 333.18 гл. 25.3 ''Государственная пошлина'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - НК РФ) при обращении за совершением юридически значимых действий, за исключением юридически значимых действий, указанных в пп. 1 - 5.1 п. 1 ст. 333.18 НК РФ, государственная пошлина уплачивается до подачи заявлений и (или) документов на совершение таких действий либо до подачи соответствующих документов.
Порядок возврата уплаченной суммы государственной пошлины за совершение юридически значимых действий, в том числе и за предоставление лицензии, переоформление документа, подтверждающего наличие лицензии, продление срока действия лицензии, определен ст. 333.40 НК РФ.
Пунктом 1 ст. 333.40 НК РФ установлен исчерпывающий перечень, в соответствии с которым уплаченная государственная пошлина за совершение юридически значимых действий, предусмотренных данной главой НК РФ, подлежит возврату.
На основании пп. 1 п. 1 ст. 333.40 НК РФ уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае уплаты государственной пошлины в большем размере, чем это предусмотрено гл. 25.3 ''Государственная пошлина'' НК РФ.
В соответствии с пп. 4 п. 1 ст. 333.40 НК РФ государственная пошлина подлежит возврату в случае отказа лиц, уплативших государственную пошлину, от совершения юридически значимого действия до обращения в уполномоченный орган (к должностному лицу), совершающий (совершающему) данное юридически значимое действие.
Возврат или зачет излишне уплаченных (взысканных) сумм государственной пошлины производится в порядке, установленном гл. 12 ''Зачет или возврат излишне уплаченных или излишне взысканных сумм'' НК РФ.
Следовательно, в случае отказа уполномоченного органа соискателю лицензии на розничную продажу алкогольной продукции в ее предоставлении (переоформлении, продлении срока действия) либо отзыва соискателем лицензии заявления о ее предоставлении (переоформлении, продлении срока действия) после обращения в уполномоченный орган за совершением указанного юридически значимого действия возврат или зачет государственной пошлины, уплаченной за предоставление данной лицензии, не производится.
Согласно п. 6 ст. 333.40 НК РФ плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной суммы государственной пошлины в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия.
Данная правовая позиция находит отражение, в частности, в Определении Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 29.03.2012 N ВАС-3542/12, Постановлении Шестнадцатого арбитражного апелляционного суда от 28.11.2011 и Федерального арбитражного суда Северо-Кавказского округа от 31.01.2012 по делу N А63-4954/2011 Арбитражного суда Ставропольского края, Постановлении Федерального арбитражного суда Московского округа от 12.08.2011 N КА- А40/8331-11.