Подтверждением права на применение освобождения от налогообложения налогом на добавленную стоимость услуг по аренде, оказываемых филиалу некоммерческой организации, может являться выписка из реестра филиалов и представительств международных и иностранных некоммерческих организаций, выданная Минюстом России.
Об этом Письмо Минфина России от 28.02.2013 N 03-07-08/5901.
В соответствии с п. 1 ст. 149 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Налогового кодекса Российской Федерации предоставление арендодателем в аренду на территории Российской Федерации помещений иностранным гражданам или организациям, аккредитованным в Российской Федерации, не подлежит налогообложению (освобождается от налогообложения) налогом на добавленную стоимость. При этом данное освобождение применяется в случаях, если законодательством соответствующего иностранного государства установлен аналогичный порядок в отношении граждан Российской Федерации и российских организаций, аккредитованных в этом государстве, либо если такая норма предусмотрена международным договором (соглашением) Российской Федерации.
Перечень иностранных государств, в отношении которых применяется освобождение от налогообложения налогом на добавленную стоимость при предоставлении в аренду помещений на территории Российской Федерации, утв. Приказом МИД России и Минфина России от 08.05.2007 N 6498/40н.
Перечень документов, подтверждающих правомерность применения указанного освобождения от налога на добавленную стоимость, положениями гл. 21 Кодекса не установлен.
В то же время согласно п. 5 ст. 2 Федерального закона от 12.01.1996 N 7-ФЗ ''О некоммерческих организациях'' иностранная некоммерческая неправительственная организация осуществляет свою деятельность на территории Российской Федерации через свои структурные подразделения (филиалы и представительства), которые приобретают правоспособность на территории Российской Федерации со дня внесения в реестр филиалов и представительств международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций сведений о соответствующем структурном подразделении в порядке, предусмотренном ст. 13.2 данного Федерального закона.
Пунктом 1 указанной ст. 13.2 установлено, что иностранная некоммерческая неправительственная организация в течение трех месяцев со дня принятия решения о создании на территории Российской Федерации филиала или представительства уведомляет об этом уполномоченный орган. При этом на основании п. 1 Положения о Министерстве юстиции Российской Федерации, утвержденного Указом Президента Российской Федерации от 13.10.2004 N 1313, федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере регистрации некоммерческих организаций, в том числе международных организаций и иностранных некоммерческих организаций, является Минюст России.