Если снятие с учета маломерного судна связано с прекращением прав на маломерное судно, то за государственную регистрацию прекращения права на маломерное судно государственная пошлина уплачивается бывшим правообладателем в размерах, установленных пп. 20 п. 1 ст. 333.33 НК РФ. В случае если право собственности на маломерное судно прекращается в связи с переходом права к новому правообладателю данного судна, то государственная пошлина должна уплачиваться новым правообладателем в соответствии с пп. 52 п. 1 ст. 333.33 НК РФ.
Об этом Письмо Минфина РФ от 13.10.2008 N 03-05-04-03/43.
За государственную регистрацию маломерных судов и прав на них, изменений, вносимых в судовую книгу, и за совершение прочих юридически значимых действий с судами уплачивается государственная пошлина, размер и порядок уплаты которой установлены гл. 25.3 ''Государственная пошлина'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс).
Уплата государственной пошлины за снятие с учета маломерного судна гл. 25.3 Кодекса не предусмотрена.
Однако следует учитывать, что в соответствии с п. 3 ст. 16 Кодекса внутреннего водного транспорта Российской Федерации под государственной регистрацией судна и прав на него понимается акт признания и подтверждения государством возникновения, ограничения (обременения), перехода или прекращения прав на судно.
Подпунктом 20 п. 1 ст. 333.33 Кодекса определены размеры государственной пошлины за государственную регистрацию прав, ограничений (обременений) прав на недвижимое имущество, договоров об отчуждении недвижимого имущества, за исключением юридически значимых действий, предусмотренных пп. 19 , 20.1 , 20.2 , 22 - 24 и 52 данного пункта .