В случае, если налогоплательщик совершает операции РЕПО и обычные операции купли-продажи с аналогичными эмиссионными ценными бумагами, определение стоимости передаваемых по первой части РЕПО ценных бумаг в налоговом учете должно осуществляться в соответствии с методом списания стоимости данных ценных бумаг, применяемым налогоплательщиком в налоговом учете в соответствии с п. 9 ст. 280 НК РФ.
Об этом Письмо Минфина РФ от 18.03.2009 N 03-03-06/2/54.
В соответствии с п. 9 ст. 280 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при реализации или ином выбытии ценных бумаг налогоплательщик самостоятельно в соответствии с принятой в целях налогообложения учетной политикой выбирает один из следующих методов списания на расходы стоимости выбывших ценных бумаг:
1) по стоимости первых по времени приобретений (ФИФО);
2) по стоимости последних по времени приобретений (ЛИФО);
3) по стоимости единицы.
Метод ФИФО или ЛИФО используется только в отношении аналогичных эмиссионных ценных бумаг, то есть эмиссионных ценных бумаг, к которым применима одна рыночная котировка (средневзвешенная цена бумаг).
Таким образом, при совершении операций с ценными бумагами налогоплательщик должен вести их учет по каждому эмитенту, в разрезе ценных бумаг данного эмитента - по каждому виду ценных бумаг, в разрезе каждого вида ценных бумаг - по каждой их категории.
Исходя из вышеизложенного при совершении операций с ценными бумагами налогоплательщик вправе применять методы списания стоимости ценных бумаг ФИФО и ЛИФО только в случае, если у него имеется не менее двух ценных бумаг одного эмитента, одного вида и одной категории.
Особенности определения налоговой базы по налогу на прибыль организаций при совершении операций РЕПО установлены ст. 282 Кодекса.
В соответствии с п. 1 ст. 282 Кодекса при проведении операции РЕПО не меняется цена приобретения ценных бумаг и размер накопленного процентного (купонного) дохода на дату исполнения первой части РЕПО в целях налогообложения доходов от последующей их реализации после приобретения ценных бумаг по второй части РЕПО.
Согласно ст. 333 Кодекса учет стоимости ценных бумаг, подлежащих выкупу при исполнении второй части соглашений о сделках купли- продажи ценных бумаг с обратным выкупом, осуществляет налогоплательщик, являющийся продавцом ценных бумаг при исполнении первой части соглашений о сделках купли-продажи ценных бумаг с обратным выкупом.