В соответствии со ст. 247 и п. 1 ст. 307 НК РФ объектом налогообложения для иностранных организаций, осуществляющих деятельность в Российской Федерации через постоянные представительства, признается доход, полученный иностранной организацией в результате осуществления деятельности на территории Российской Федерации через ее постоянное представительство, уменьшенный на величину произведенных этим постоянным представительством расходов, определяемых с учетом положений п. 4 данной статьи , а также другие доходы от источников в Российской Федерации, указанные в п. 1 ст. 309 НК РФ, относящиеся к постоянному представительству.
Об этом Письмо Минфина РФ от 18.03.2009 N 03-08-05.
Учитывая, что в соответствии с соглашением о предоставлении профессиональных услуг, заключенным между российской организацией - заказчиком и чешской организацией - исполнителем, платежи, перечисляемые исполнителю за передачу исключительных и неисключительных прав на все авторские работы, выполненные исполнителем, квалифицируются как роялти, к данному виду дохода применяются положения ст. 12 Конвенции между Правительством Российской Федерации и Правительством Чешской Республики об избежании двойного налогообложения и предотвращении уклонения от налогообложения в отношении налогов на доходы и капитал от 17.11.1995 (далее - Конвенция).
Согласно п. 2 ст. 12 Конвенции доходы чешской компании в виде роялти могут облагаться налогом в Российской Федерации и в соответствии с законодательством этого государства, но, если получатель имеет фактическое право на роялти, взимаемый таким образом налог не должен превышать 10 процентов от общей суммы роялти при условии представления иностранной организацией - получателем дохода документа, подтверждающего постоянное местонахождение указанной иностранной организации в Чехии, заверенного компетентным органом Чехии, согласно п. 1 ст. 312 Кодекса.
В силу того что Соглашение о предоставлении профессиональных услуг заключено между российской организацией - заказчиком и чешской организацией - исполнителем на неопределенный срок, деятельность данной чешской организации может иметь регулярный характер и не ограничиваться услугами, оказанными в соответствии с графиком задания ''А'', а следовательно, приводить к образованию постоянного представительства данной чешской организации на территории Российской Федерации в соответствии с п. 1 ст. 5 Конвенции.
Согласно п. 1 ст. 7 Конвенции прибыль предприятия одного Договаривающегося Государства подлежит налогообложению только в этом Государстве, если только предприятие не осуществляет предпринимательскую деятельность в другом Договаривающемся Государстве через находящееся там постоянное представительство. Если предприятие осуществляет предпринимательскую деятельность вышеуказанным образом, то прибыль предприятия может облагаться налогом в другом Государстве, но только в той части, которая относится к этому постоянному представительству. Это означает, что Российской Федерации предоставлено право налогообложения прибыли постоянных представительств чешских компаний. Данное право реализуется нормой п. 1 ст. 246 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс), согласно которому иностранные организации, осуществляющие деятельность в Российской Федерации через постоянные представительства, являются плательщиками налога на прибыль организаций.