После перехода организации на уплату единого сельскохозяйственного налога организация не должна реализовывать товары с учетом налога на добавленную стоимость. При этом налог на добавленную стоимость, исчисленный и уплаченный в бюджет с оплаты (частичной оплаты), полученной в счет поставок указанных товаров, к вычету не принимается.
Об этом Письмо Минфина РФ от 15.04.2010 N 03-07-11/118.
Согласно п. 3 ст. 346.1 гл. 26.1 ''Система налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единый сельскохозяйственный налог)'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) организации, являющиеся налогоплательщиками единого сельскохозяйственного налога, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с Кодексом при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации, а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со ст. 174.1 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Кодекса.
Кроме того, на основании п. 4 ст. 346.1 Кодекса организации, являющиеся налогоплательщиками единого сельскохозяйственного налога, не освобождаются от исполнения обязанностей налоговых агентов, предусмотренных Кодексом. В связи с этим такие организации признаются налоговыми агентами по налогу на добавленную стоимость в случаях, предусмотренных ст. 161 Кодекса.
В иных случаях организации, являющиеся налогоплательщиками единого сельскохозяйственного налога, исчислять налог на добавленную стоимость не должны.
Согласно п. 5 ст. 173 Кодекса в случае выставления указанной организацией покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога на добавленную стоимость вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет.
Что касается товаров, реализованных на экспорт до перехода на уплату единого сельскохозяйственного налога, в отношении которых полный пакет документов, предусмотренных ст. 165 Кодекса, собран после перехода на уплату данного налога, то в соответствии с п. 5 ст. 167 Кодекса при реализации товаров на экспорт моментом определения налоговой базы по налогу на добавленную стоимость является последнее число квартала, в котором собран полный пакет документов. Поскольку полный пакет документов, предусмотренный ст. 165 Кодекса, собран организацией в момент, когда организация не признается налогоплательщиком налога на добавленную стоимость, то, по нашему мнению, у организации, перешедшей на уплату единого сельскохозяйственного налога, не имеется оснований для применения нулевой ставки налога на добавленную стоимость в отношении экспортированных товаров, а также налоговых вычетов.