В отношении доходов сотрудников филиала, полученных от источников за пределами Российской Федерации, филиал не признается налоговым агентом. Соответственно, на филиал не могут быть возложены обязанности, предусмотренные для налоговых агентов ст. ст. 226 и 230 НК РФ.
Об этом Письмо Минфина России от 28.06.2012 N 03-04-06/6-183.
В соответствии с п. 1 ст. 207 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) плательщиками налога на доходы физических лиц признаются физические лица, являющиеся налоговыми резидентами Российской Федерации, а также физические лица, получающие доходы от источников в Российской Федерации, не являющиеся налоговыми резидентами Российской Федерации.
При направлении сотрудников филиала на работу за границу, когда их трудовые обязанности, предусмотренные трудовым договором, выполняются в полном объеме по месту работы в иностранном государстве, получаемое ими вознаграждение является вознаграждением за выполнение трудовых обязанностей на территории иностранного государства и относится к доходам, полученным от источников за пределами Российской Федерации.
В соответствии с пп. 3 п. 1 ст. 228 Кодекса физические лица - налоговые резиденты Российской Федерации, получающие доходы от источников, находящихся за пределами Российской Федерации, исчисление, декларирование и уплату налога на доходы физических лиц производят самостоятельно по завершении налогового периода.
Согласно п. 2 ст. 226 Кодекса исчисление сумм и уплата налога производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. ст. 214.1 , 214.3 , 214.4 , 214.5 , 227 , 227.1 и 228 Кодекса.
В случае если в течение налогового периода физические лица не будут признаны налоговыми резидентами Российской Федерации, то в соответствии с п. 1 ст. 207 Кодекса такие лица не являются плательщиками налога на доходы физических лиц по доходам, полученным в данном налоговом периоде от источников за пределами Российской Федерации.
Соответственно, обязанностей налогоплательщика по декларированию доходов от источников за пределами Российской Федерации, полученных в налоговом периоде, в котором физические лица не являются налоговыми резидентами Российской Федерации, такие лица не имеют.
Перечень документов, подтверждающих нахождение физических лиц в Российской Федерации, Кодексом не установлен. Такими документами, помимо копии паспорта с отметками органов пограничного контроля о пересечении границы, могут являться табель учета рабочего времени, квитанции о проживании в гостинице и другие документы, оформленные в порядке, установленном законодательством Российской Федерации, на основании которых можно установить длительность фактического нахождения физического лица в Российской Федерации.
