Если комиссионное вознаграждение банку установлено в процентах от суммы лимита (лимита выдачи денежных средств или лимита задолженности), то в этом случае сумма исчисленного комиссионного вознаграждения учитывается при определении налоговой базы по налогу на прибыль не в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией, а как внереализационные расходы.
Об этом Письмо Минфина РФ от 10.12.2007 N 03-03-06/1/838.
В соответствии с пп. 25 п. 1 ст. 264 Налогового кодекса Российской Федерации в состав прочих расходов, связанных с производством и (или) реализацией, относятся и расходы на оплату услуг банков.
В составе расходов на оплату услуг банков может быть учтена, в частности, сумма комиссии, взимаемой банком за совершение операций.
Вместе с тем в случаях, когда комиссия за проведение операций по ссудному счету установлена в процентах от суммы непогашенного кредита, данная комиссия должна включаться для целей налогообложения прибыли в состав расходов в виде процентов по кредиту в порядке, установленном ст. 269 НК РФ . Согласно пп. 2 п. 1 ст. 265 НК РФ указанные суммы учитываются в составе внереализационных расходов.