Начиная с 1 января 2008 г. изменился порядок зачета излишне уплаченных сумм налогов и сборов. Он производится по соответствующим видам налогов и сборов (а не бюджетов, как было раньше). Произошло это в соответствии со ст. 1 Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ "О внесении изменений в часть первую и часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации в связи с осуществлением по совершенствованию налогового администрирования".
Об этом Комментарий Управления ФНС РФ по Брянской области от 29.12.2007.
Зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов и сборов, региональных и местных налогов будет производиться по соответствующим видам налогов и сборов, а также по пеням, начисленным по соответствующим налогам и сборам (абз. 2 п. 1 ст. 78 НК РФ).
Например, налог на прибыль организаций является федеральным налогом (п. 5 ст. 13 НК РФ), однако уплачивается в два бюджета: федеральный и региональный (п. 1 ст. 284 НК РФ). Если сейчас, например, переплату по налогу на прибыль можно зачесть в счет недоимки по НДС только в той части, в которой переплата зачислена в федеральный бюджет, то после 1 января 2008 г. в счет погашения недоимки по НДС можно будет направить всю сумму переплаты по налогу на прибыль, поскольку оба налога являются федеральными.
Обратная ситуация - переплату по налогу на прибыль сейчас возможно зачесть в счет недоимки по налогу на имущество организаций (в той части, в какой переплата зачислена в региональный бюджет). После 1 января 2008 года переплату по налогу на прибыль в счет недоимки по налогу на имущество направить будет нельзя, поскольку налог на прибыль - федеральный, а налог на имущество организаций - региональный (п. 1 ст. 14 НК РФ).