В случае выставления лицами, не являющимися налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, в том числе применяющими упрощенную систему налогообложения, покупателю товаров (работ, услуг) счета- фактуры с выделением суммы налога на добавленную стоимость вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет.
Об этом Письмо Минфина России от 05.04.2013 N 03-07-11/11247.
Согласно п. 2 ст. 346.11 гл. 26.2 ''Упрощенная система налогообложения'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) организации, перешедшие на упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением этого налога, подлежащего уплате при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, а также налога, уплачиваемого в соответствии со ст. 174.1 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Кодекса.
Кроме того, на основании п. 5 ст. 346.11 гл. 26.2 Кодекса организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не освобождаются от исполнения обязанностей налоговых агентов, предусмотренных Кодексом. В связи с этим такие организации признаются налоговыми агентами по налогу на добавленную стоимость в случаях, предусмотренных ст. 161 Кодекса.
Также необходимо иметь в виду, что в соответствии с п. 5 ст. 173 Кодекса в случае выставления лицами, не являющимися налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, в том числе применяющими упрощенную систему налогообложения, покупателю товаров (работ, услуг) счета- фактуры с выделением суммы налога на добавленную стоимость вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет.
В иных случаях организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, налог на добавленную стоимость в бюджет не уплачивают.