В соответствии с п. 3 ст. 321.1 НК РФ, если бюджетными ассигнованиями, выделенными бюджетному учреждению, предусмотрено финансовое обеспечение расходов по оплате коммунальных услуг, услуг связи, транспортных расходов по обслуживанию административно-управленческого персонала, расходов по всем видам ремонта основных средств за счет двух источников, то в целях налогообложения принятие таких расходов на уменьшение доходов, полученных от предпринимательской деятельности и средств целевого финансирования, производится пропорционально объему средств, полученных от предпринимательской деятельности, в общей сумме доходов (включая средства целевого финансирования). Указанная норма НК РФ может применяться и к негосударственным учреждениям при признании указанных расходов в целях налогообложения прибыли.
Об этом Письмо Минфина РФ от 02.09.2008 N 03-03-06/4/57.
В соответствии с п. 2 ст. 251 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций не учитываются целевые поступления (за исключением целевых поступлений в виде подакцизных товаров). К ним относятся целевые поступления из бюджета и целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно от других организаций и (или) физических лиц и использованные указанными получателями по назначению. Перечень таких целевых поступлений установлен п. 2 ст. 251 Кодекса.
При этом налогоплательщики - получатели указанных целевых поступлений обязаны вести отдельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевых поступлений.