При продаже налогоплательщиком организации доли в уставном капитале такая организация признается налоговым агентом на основании ст. 226 НК РФ и обязана исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц.
Об этом Письмо Минфина РФ от 27.11.2008 N 03-04-06-01/355.
Согласно п. 1 ст. 226 Налогового кодекса (далее Кодекс) российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц.
Исчисление сумм и уплата налога производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. ст. 214.1 , 227 и 228 Кодекса.
Поскольку доходы налогоплательщика в виде сумм, полученных от продажи организации доли в уставном капитале, не относятся к доходам, предусмотренным указанными статьями Кодекса , организация в отношении таких доходов налогоплательщика является налоговым агентом и обязана исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц в общеустановленном порядке.
При этом в соответствии с абз. 2 пп. 1 п. 1 ст. 220 Кодекса при продаже доли (ее части) в уставном капитале организации налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
Пунктом 2 ст. 220 Кодекса установлено, что имущественные налоговые вычеты предоставляются на основании письменного заявления налогоплательщика при подаче им налоговой декларации в налоговый орган по окончании налогового периода.
При этом имущественный налоговый вычет, предусмотренный абз. 2 пп. 1 п. 1 ст. 220 Кодекса, предоставляется налогоплательщику налоговым органом на основании письменного заявления при подаче им налоговой декларации и документов, подтверждающих произведенные расходы, связанные с получением доходов от продажи доли (договор купли-продажи, платежные поручения и т.п.).
Если обязанность по исчислению и удержанию налога из денежных средств налогоплательщика возложена в соответствии с Кодексом на налогового агента, то обязанность по уплате налога налогоплательщиком считается исполненной со дня удержания сумм налога налоговым агентом ( пп. 5 п. 3 ст. 45 Кодекса).
В случае нарушения налоговым агентом срока перечисления налога с него взыскивается пеня в порядке, установленном ст. 75 Кодекса.
Согласно ст. 123 Кодекса неправомерное неперечисление (неполное перечисление) сумм налога, подлежащего удержанию и перечислению налоговым агентом, влечет взыскание штрафа в размере 20 процентов от суммы, подлежащей перечислению.