В случае, если два собственника владеют по 1/6 доли в праве собственности на проданную квартиру менее трех лет, то согласно пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ имущественный налоговый вычет может быть предоставлен каждому из них в сумме дохода от продажи квартиры, пропорциональной принадлежащей им доле, но не превышающей в целом 1 000 000 руб.
Об этом Письмо Минфина РФ от 25.04.2011 N 03-04-05/7-294.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при определении размера налоговой базы налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Согласно ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
В связи с этим моментом возникновения права собственности у участника общей долевой собственности на квартиру является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников квартиры и долей в праве собственности на квартиру, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру.
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более.
Учитывая, что продаваемые 2/3 доли в праве собственности на квартиру находились в собственности у одного из собственников более трех лет (независимо от изменения размера его доли в праве собственности на квартиру), то доход, полученный от продажи квартиры, пропорциональный данной доле, не подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц.