Если у налогоплательщика есть основания считать, что его права нарушаются налоговым агентом, в том числе если налоговый агент определяет налоговую базу по операциям с ценными бумагами не в соответствии с вышеизложенным порядком, предусмотренным НК РФ, за защитой своих прав он может обратиться в суд.
Об этом Письмо Минфина РФ от 08.06.2011 N 03-04-05/4-408.
Пунктом 3 ст. 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) (в редакции, действовавшей при определении налоговой базы за 2007 г.) было предусмотрено, что доход от операций купли-продажи ценных бумаг определяется как разница между суммами доходов, полученных от реализации ценных бумаг, и документально подтвержденными расходами на приобретение, реализацию и хранение ценных бумаг, фактически произведенными налогоплательщиком.
Учет убытков от аннулирования акций, принадлежащих налогоплательщику, по решению суда ст. 214.1 Кодекса не предусмотрен.
В соответствии с абз. 5 п. 13 ст. 214.1 Кодекса при реализации акций (долей, паев), полученных налогоплательщиком при реорганизации организаций, расходами на их приобретение признается стоимость, определяемая в соответствии с п. п. 4 - 6 ст. 277 Кодекса, при условии документального подтверждения налогоплательщиком расходов на приобретение акций (долей, паев) реорганизуемых организаций.
Согласно п. 4 ст. 277 Кодекса при реорганизации в форме слияния, присоединения и преобразования, предусматривающей конвертацию акций реорганизуемой организации в акции создаваемых организаций или в акции организации, к которой осуществлено присоединение, стоимость полученных акционерами реорганизуемой организации акций создаваемых организаций или организации, к которой осуществлено присоединение, признается равной стоимости конвертированных акций реорганизуемой организации по данным налогового учета акционера на дату завершения реорганизации (на дату внесения в единый государственный реестр юридических лиц записи о прекращении деятельности каждого присоединяемого юридического лица - при реорганизации в форме присоединения).
Пунктом 5 данной статьи Кодекса установлено, что в случае реорганизации в форме выделения, разделения, предусматривающей конвертацию или распределение акций вновь создаваемых организаций среди акционеров реорганизуемой организации, совокупная стоимость полученных акционером в результате реорганизации акций каждой из созданных организаций и реорганизованной организации признается равной стоимости принадлежавших акционеру акций реорганизуемой организации, определяемой по данным налогового учета акционера.
Стоимость акций каждой вновь созданной и реорганизованной организации, полученных акционером в результате реорганизации, определяется в следующем порядке.
Стоимость акций каждой вновь создаваемой организации признается равной части стоимости принадлежащих акционеру акций реорганизуемой организации, пропорциональной отношению стоимости чистых активов созданной организации к стоимости чистых активов реорганизуемой организации.
Стоимость акций реорганизуемой организации (реорганизованной после завершения реорганизации), принадлежащих акционеру, определяется как разница между стоимостью приобретения им акций реорганизуемой организации и стоимостью акций всех вновь созданных организаций, принадлежащих этому акционеру.
Стоимость чистых активов реорганизуемой и вновь созданных организаций определяется по данным разделительного баланса на дату его утверждения акционерами в установленном порядке.
В случае реорганизации в форме выделения, предусматривающей приобретение реорганизуемой организацией акций (доли, пая) выделяемой организации, стоимость этих акций (доли, пая) признается равной стоимости чистых активов выделенной организации на дату ее государственной регистрации.
В случае если стоимость чистых активов одной или нескольких созданных (реорганизованной) с участием акционеров организаций является отрицательной величиной, стоимость приобретения полученных акционером в результате реорганизации акций каждой из созданных (реорганизованной) организаций признается равной части стоимости принадлежавших акционеру акций реорганизуемой организации, пропорциональной отношению величины уставного капитала каждой из созданных с участием акционеров организаций к величине уставного капитала реорганизуемой организации на последнюю отчетную дату, предшествующую реорганизации.
В соответствии с п. 6 ст. 277 Кодекса информация о чистых активах организаций (реорганизуемых и создаваемых) по данным разделительного баланса опубликовывается реорганизуемой организацией в течение 45 календарных дней с даты принятия решения о реорганизации в печатном издании, предназначенном для опубликования данных о государственной регистрации юридических лиц, а также предоставляется налогоплательщикам-акционерам (участникам, пайщикам) реорганизуемых организаций по их письменным запросам.
При этом ст. 22 Кодекса налогоплательщикам гарантируется административная и судебная защита их прав и законных интересов.