Депозитарий, выполняя функции налогового агента, должен исчислить и удержать налог на доходы физических лиц независимо от того, перечисляются ли денежные средства, поступившие на специальный счет депозитария от организации- эмитента, на банковский счет клиента или по его распоряжению на спецброкерский счет налогового агента.
Об этом Письмо Минфина России от 17.08.2012 N 03-04-06/4-249.
В соответствии с п. 18 ст. 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налоговая база по операциям с ценными бумагами, по операциям с финансовыми инструментами срочных сделок, по операциям РЕПО с ценными бумагами и по операциям займа ценными бумагами определяется налоговым агентом, при этом налоговым агентом в целях данной статьи признается, в частности, депозитарий, осуществляющий выплату (перечисление) дохода в денежной форме по федеральным государственным эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением независимо от даты регистрации их выпуска, а также по иным эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением (в отношении выпусков, государственная регистрация которых или присвоение идентификационного номера которым осуществлены после 1 января 2012 г.) владельцу таких ценных бумаг.
Из вышеприведенной нормы ст. 214.1 Кодекса следует, что депозитарий при выплате (перечислении) дохода по вышеуказанным ценным бумагам самостоятельно выполняет функции налогового агента.