При получении индивидуальным предпринимателем от организации доходов от осуществления предпринимательской деятельности организация не признается налоговым агентом, поскольку в данной ситуации исчисление и уплату налога на доходы физических лиц налогоплательщик осуществляет самостоятельно.
Об этом Письмо Минфина РФ от 22.07.2011 N 03-04-06/3-176.
В соответствии с п. 1 ст. 226 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в п. 2 ст. 226 Кодекса, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 Кодекса. Указанные организации являются налоговыми агентами.
Согласно п. 2 ст. 226 Кодекса исчисление сумм и уплата налога в соответствии со ст. 226 Кодекса производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. ст. 214.1 , 214.3 , 214.4 , 227 , 227.1 и 228 Кодекса.
Согласно пп. 1 п. 1 и п. 2 ст. 227 Кодекса физические лица, зарегистрированные в установленном действующим законодательством порядке и осуществляющие предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, исчисление и уплату налога на доходы физических лиц производят самостоятельно по суммам доходов, полученных от осуществления такой деятельности.
При этом в документах, являющихся основанием для выплаты дохода, должно быть отражено, что такая выплата была произведена индивидуальному предпринимателю в связи с осуществлением им предпринимательской деятельности.