Если налоговый агент при выплате дохода работнику удержал налог на доходы физических лиц, но не перечислил его в бюджет, то налогоплательщик вправе воспользоваться налоговым вычетом в связи с расходами, например, на обучение ребенка.
Об этом Письмо ФНС России от 20.03.2012 N ЕД-4-3/4582@.
В соответствии с п. п. 1 и 3 ст. 210 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) для доходов, в отношении которых налоговая ставка предусмотрена 13 процентов, налоговая база определяется как денежное выражение всех таких подлежащих налогообложению доходов налогоплательщика, полученных как в денежной, так и в натуральной формах, уменьшенных на сумму налоговых вычетов, предусмотренных ст. ст. 218 - 221 Кодекса.
Кодекс не ставит возможность получения налогового вычета (например, социального, имущественного) в зависимость от перечисления удержанного у налогоплательщика налога на доходы физических лиц конкретным налоговым агентом.
В соответствии с п. 3 ст. 45 Кодекса обязанность по уплате налога считается исполненной налогоплательщиком со дня удержания суммы налога налоговым агентом, если обязанность по исчислению и удержанию налога из денежных средств налогоплательщика возложена в соответствии с Кодексом на налогового агента.
Для ответа по существу вопроса следует уточнить, о каких налоговых вычетах идет речь в указанном письме, а также целесообразно направить копию запроса налогоплательщика.