Сумма дохода от продажи квартиры, превышающая размер примененного имущественного налогового вычета, предусмотренного пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.
Об этом Письмо Минфина России от 06.06.2013 N 03-04-05/21163.
В соответствии с пп. 1 и 2 п. 1 ст. 8 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее - Гражданский кодекс) гражданские права возникают, в частности, из договоров, предусмотренных законом, а также из договоров, не противоречащих ему. Право на имущество, включая квартиру, подлежащее государственной регистрации, возникает с момента регистрации соответствующих прав на него, если иное не установлено законом.
В силу ст. 14 Федерального закона от 21.07.1997 N 122-ФЗ ''О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним'' проведенная государственная регистрация возникновения и перехода прав на недвижимое имущество удостоверяется свидетельством о государственной регистрации прав.
На основании ст. 131 Гражданского кодекса право собственности и другие вещные права на недвижимые вещи, ограничения этих прав, их возникновение, переход и прекращение подлежат регистрации в Едином государственном реестре прав на недвижимое имущество и сделок с ним органами, осуществляющими государственную регистрацию прав на недвижимость и сделок с ней.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.