Если налогоплательщик не воспользовался своим правом на получение имущественного налогового вычета в отношении полученной им субсидии на приобретение жилья из бюджета субъекта Российской Федерации, доход в виде полученной субсидии освобождается от обложения налогом на доходы физических лиц на основании п. 36 ст. 217 НК РФ.
Об этом Письмо Минфина России от 03.07.2013 N 03-04-07/25473.
Согласно п. 1 ст. 2 Федерального закона от 30.06.2005 N 71-ФЗ ''О внесении изменений в статью 217 части второй Налогового кодекса Российской Федерации'' не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц доходы в виде помощи (в денежной и натуральной формах), а также в виде подарков, полученные в 2005 г. ветеранами Великой Отечественной войны, инвалидами Великой Отечественной войны, вдовами военнослужащих, погибших в период войны с Финляндией, Великой Отечественной войны, войны с Японией, вдовами умерших инвалидов Великой Отечественной войны и бывшими узниками нацистских концлагерей, тюрем и гетто, а также бывшими несовершеннолетними узниками концлагерей, гетто и других мест принудительного содержания, созданных фашистами и их союзниками в период Второй мировой войны, в связи с 60-летием Победы в Великой Отечественной войне 1941 - 1945 гг.
Поскольку субсидия на приобретение жилья была получена физическим лицом в 2006 г., к доходам в виде указанной субсидии положения п. 1 ст. 2 Федерального закона от 30.06.2005 N 71-ФЗ ''О внесении изменений в статью 217 части второй Налогового кодекса Российской Федерации'' не могут применяться.
В соответствии с п. 36 ст. 217 Кодекса, внесенным Федеральным законом от 29.11.2007 N 284-ФЗ ''О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации'' (далее - Федеральный закон от 29.11.2007 N 284-ФЗ) и вступившим в силу с 1 января 2008 г., не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц суммы выплат на приобретение и (или) строительство жилого помещения, предоставленные за счет средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов.
Согласно п. 5 ст. 3 Федерального закона от 29.11.2007 N 284-ФЗ положения п. 36 ст. 217 Кодекса распространяются на правоотношения, возникшие с 1 января 2005 г., но не применяются в отношении налогоплательщиков, которые с сумм средств на приобретение и (или) строительство жилого помещения, предоставленных за счет средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов, до 1 января 2008 г. уплатили налог и получили имущественный налоговый вычет, установленный пп. 2 п. 1 ст. 220 Кодекса.