При уменьшении площади лицензионного участка недр в течение квартала сумма регулярного платежа за пользование недрами должна быть рассчитана исходя из уменьшенной площади участка недр начиная с квартала, следующего за кварталом изменения площади участка недр.
Об этом Письмо ФНС России от 06.08.2013 N АС-4-3/14318@.
В соответствии с п. 1 ст. 43 Закона Российской Федерации от 21.02.1992 N 2395-1 ''О недрах'' (далее - Закон ''О недрах'') регулярные платежи за пользование недрами взимаются за предоставление пользователям недр исключительных прав на поиск и оценку месторождений полезных ископаемых, их разведку, геологическое изучение и оценку пригодности участков недр для строительства и эксплуатации сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых, строительство и эксплуатацию подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых, за исключением инженерных сооружений неглубокого залегания (до 5 метров), используемых по целевому назначению.
На основании п. 2 ст. 43 Закона ''О недрах'' размеры регулярных платежей за пользование недрами определяются в зависимости от экономико-географических условий, размера участка недр, вида полезного ископаемого, продолжительности работ, степени геологической изученности территории и степени риска.
При этом регулярный платеж за пользование недрами взимается за площадь участка недр, предоставленного недропользователю, за вычетом площади возвращенной части участка недр.
Ставка регулярного платежа за пользование недрами устанавливается за один квадратный километр площади участка недр в год.
Пунктом 4 ст. 43 Закона ''О недрах'' установлено, что регулярные платежи за пользование недрами уплачиваются пользователями недр ежеквартально не позднее последнего числа месяца, следующего за истекшим кварталом, равными долями в размере одной четвертой от суммы платежа, рассчитанного за год.