Если организация (физическое лицо) уплатила государственную пошлину, но в дальнейшем не обратилась в уполномоченный орган (к должностному лицу) за выдачей разрешения (лицензии), то в этом случае уплаченная сумма государственной пошлины подлежит возврату.
Об этом Письмо ФНС России от 02.09.2013 N ММВ-18-15/970.
В соответствии с положениями ст. ст. 333.16 и 333.17 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) государственная пошлина уплачивается организациями и физическими лицами за совершение юридически значимых действий, предусмотренных гл. 25.3 Кодекса.
Основания и порядок возврата или зачета государственной пошлины установлены ст. 333.40 Кодекса.
В частности, согласно пп. 4 п. 1 ст. 333.40 Кодекса уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае отказа лиц, уплативших государственную пошлину, от совершения юридически значимого действия до обращения в уполномоченный орган (к должностному лицу), совершающий (совершающему) данное юридически значимое действие.
Таким образом, по мнению ФНС России, из указанной нормы Кодекса следует, что если организация (физическое лицо) уплатила государственную пошлину, но в дальнейшем не обратилась в уполномоченный орган (к должностному лицу) за выдачей разрешения (лицензии), то в этом случае уплаченная сумма государственной пошлины подлежит возврату.
Если организация (физическое лицо) уплатила государственную пошлину и представила в уполномоченный орган (должностному лицу) документы для выдачи разрешения (лицензии), на основании которых вынесен мотивированный отказ в выдаче разрешения (лицензии), то в этом случае уплаченная сумма государственной пошлины возврату не подлежит.
Аналогичная позиция Конституционного Суда Российской Федерации о законности отказа в возврате уплаченной государственной пошлины при наличии вынесенного решения об отказе в предоставлении лицензии изложена в Постановлении от 23.05.2013 N 11-П.
Одновременно обращается внимание на то, что ФНС России и ее территориальные органы не администрируют государственную пошлину, уплачиваемую за совершение юридически значимых действий, указанных в письме.