Налоговый агент производит исчисление, удержание и перечисление в бюджет налога на доходы физических лиц с заработной платы один раз в месяц при окончательном расчете дохода сотрудника по итогам каждого месяца, за который ему был начислен доход, в сроки, установленные п. 6 ст. 226 НК РФ. При заполнении Справки о доходах физического лица по форме 2-НДФЛ доходы отражаются в тех месяцах налогового периода, в которых эти доходы были фактически выплачены.
Об этом Письмо ФНС России от 07.10.2013 N БС-4-11/17931@.
В соответствии с п. 2 ст. 230 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налоговые агенты представляют в налоговый орган по месту своего учета сведения о доходах физических лиц истекшего налогового периода и суммах начисленных, удержанных и перечисленных в бюджетную систему Российской Федерации за этот налоговый период налогов ежегодно не позднее 1 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом, по форме 2-НДФЛ ''Справка о доходах физического лица за 20__ год'', форматам и в порядке, которые утверждены Приказом ФНС России от 17.11.2010 N ММВ-7-3/611 (с учетом изменений , внесенных Приказом ФНС России от 06.12.2011 N ММВ-7-3/909).
Согласно разд. I Рекомендаций по заполнению формы 2-НДФЛ ''Справка о доходах физического лица за 20__ год'' (Приложение к форме 2-НДФЛ, утвержденной Приказом ФНС России от 17.11.2010 N ММВ-7-3/611) форма 2-НДФЛ заполняется на основании данных учета доходов, выплаченных физическим лицам налоговым агентом, предоставленных физическим лицам налоговых вычетов, исчисленных и удержанных налогов в регистрах налогового учета.
Налоговые агенты, согласно п. 4 ст. 226 Кодекса, обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.
В соответствии с п. 6 ст. 226 Кодекса налоговые агенты обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня фактического получения в банке наличных денежных средств на выплату дохода, а также дня перечисления дохода со счетов налоговых агентов в банке на счета налогоплательщика либо по его поручению на счета третьих лиц в банках.