В случае, если нежилое помещение находилось в собственности налогоплательщика более трех лет, то независимо от изменения назначения объекта доходы, полученные от продажи указанного имущества, не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Об этом Письмо Минфина России от 28.10.2013 N 03-04-05/45695.
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
Согласно положениям Постановления Правительства Российской Федерации от 18.02.1998 N 219 ''Об утверждении Правил ведения Единого государственного реестра прав на недвижимое имущество и сделок с ним'' изменение назначения объекта при переводе жилого помещения в нежилое не влечет за собой существенного изменения объекта, а также прекращения или перехода права на него.