В случае если налогоплательщик имеет несколько участков недр на территории субъекта Российской Федерации, то в качестве налогоплательщика НДПИ он подлежит постановке на учет в одном налоговом органе субъекта Российской Федерации: либо в налоговом органе по месту нахождения организации - при нахождении участка недр и места нахождения (жительства) налогоплательщика на территории одного субъекта Российской Федерации, либо в налоговом органе, определяемом управлением ФНС России по соответствующему субъекту Российской Федерации, - в иных случаях.
Об этом Письмо Минфина России от 12.12.2013 N 03-06-05-01/54697.
В соответствии с положениями п. 2 ст. 343 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) НДПИ подлежит уплате в бюджет по месту нахождения каждого участка недр, предоставленного налогоплательщику в пользование. При этом согласно п. 1 ст. 335 Кодекса местом нахождения участка недр признана территория субъекта (субъектов) Российской Федерации, на которой (которых) расположен этот участок.
Как следует из Приказа МНС России от 31.12.2003 N БГ-3-09/731 ''Об утверждении особенностей постановки на учет в налоговом органе организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика налога на добычу полезных ископаемых'', в случае если налогоплательщик имеет несколько участков недр на территории субъекта Российской Федерации, то в качестве налогоплательщика НДПИ он подлежит постановке на учет в одном налоговом органе субъекта Российской Федерации: либо в налоговом органе по месту нахождения организации - при нахождении участка недр и места нахождения (жительства) налогоплательщика на территории одного субъекта Российской Федерации, либо в налоговом органе, определяемом управлением ФНС России по соответствующему субъекту Российской Федерации, - в иных случаях.
С учетом изложенного в целях оптимизации администрирования налога на добычу полезных ископаемых до урегулирования в законодательстве о налогах и сборах вопроса уплаты НДПИ данный налог уплачивается на территории муниципального образования, в котором налогоплательщик поставлен на налоговый учет в качестве налогоплательщика НДПИ, а в налоговой декларации, форма и порядок заполнения которой утверждены Приказом ФНС России от 16.12.2011 N ММВ-7-3/928@ ''Об утверждении формы и формата представления налоговой декларации по налогу на добычу полезных ископаемых в электронном виде и порядка ее заполнения'', по строке 020 разд. 1 ''Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет'' указывается код административно-территориального образования (ОКАТО) того же муниципального образования.
Вместе с тем вопрос зачисления доходов от НДПИ в бюджеты различных уровней Российской Федерации является предметом правового регулирования бюджетного законодательства Российской Федерации.
В частности, в соответствии с Порядком учета Федеральным казначейством поступлений в бюджетную систему Российской Федерации и их распределения между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации, утвержденным Приказом Минфина России от 05.09.2008 N 92н, распределение поступлений осуществляется между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации по общей сумме поступлений по соответствующему коду бюджетной классификации Российской Федерации и коду ОКАТО .
