Восстановлению подлежат суммы налога на добавленную стоимость, ранее принятые к вычету, в случае оплаты приобретаемых товаров (работ, услуг) за счет средств субсидий, предоставленных из федерального бюджета на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретаемых товаров (работ, услуг), с учетом налога на добавленную стоимость. При этом восстановление сумм налога производится в том налоговом периоде, в которых получены суммы предоставленных субсидий.
Об этом Письмо Минфина России от 02.12.2013 N 03-07-11/52360.
На основании пп. 6 п. 3 ст. 170 Налогового кодекса Российской Федерации восстановлению подлежат суммы налога на добавленную стоимость, ранее принятые к вычету, в случае оплаты приобретаемых товаров (работ, услуг) за счет средств субсидий, предоставленных из федерального бюджета на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретаемых товаров (работ, услуг), с учетом налога на добавленную стоимость. При этом восстановление сумм налога производится в том налоговом периоде, в которых получены суммы предоставленных субсидий.
Что касается расчета размера субсидий, то данный вопрос к компетенции Департамента не относится.