Если организация встала на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, суммы налога на доходы физических лиц, исчисленного и удержанного с доходов работников таких обособленных подразделений, должны быть перечислены в бюджет по месту учета каждого такого обособленного подразделения исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
Об этом Письмо ФНС России от 12.03.2014 N БС-4-11/4431@.
В соответствии с п. 7 ст. 226 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
В соответствии с п. 1 ст. 83 Кодекса организации, в состав которых входят обособленные подразделения, расположенные на территории Российской Федерации, подлежат постановке на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
В случае если организация встала на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, суммы налога на доходы физических лиц, исчисленного и удержанного с доходов работников таких обособленных подразделений, должны быть перечислены в бюджет по месту учета каждого такого обособленного подразделения исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
При этом следует оформлять отдельные платежные поручения по каждому обособленному подразделению с указанием присвоенного ему при постановке на налоговый учет КПП и соответствующего кода ОКТМО муниципального образования, в бюджет которого перечисляется налог на доходы физических лиц.