В случае розлива приобретенного коньяка обработанного в бутылки налоговые вычеты не производятся.
Об этом Письмо Минфина России от 24.03.2014 N 03-07-06/12646.
В соответствии с п. 3 ст. 182 гл. 22 ''Акцизы'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) розлив алкогольной продукции и пива, осуществляемый как часть общего процесса производства этих товаров в соответствии с требованиями технических регламентов и (или) другой нормативно-технической документации, которые регламентируют процесс производства указанных товаров и утверждаются в установленном законодательством Российской Федерации порядке, в целях гл. 22 ''Акцизы'' Кодекса приравнивается к производству.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 182 Кодекса реализация на территории Российской Федерации лицами произведенных ими подакцизных товаров признается объектом налогообложения акцизом.
Таким образом, организация, осуществляющая розлив приобретенного коньяка обработанного в бутылки, осуществляет производство коньяка и, следовательно, при его последующей реализации уплачивает акциз.
В соответствии с п. 2 ст. 200 Кодекса вычетам подлежат суммы акциза, предъявленные продавцами и уплаченные налогоплательщиком при приобретении подакцизных товаров, в дальнейшем использованных в качестве сырья для производства подакцизных товаров. При исчислении суммы акциза на алкогольную продукцию указанные налоговые вычеты производятся в пределах суммы акциза, исчисленной по подакцизным товарам, использованным в качестве сырья, произведенным на территории Российской Федерации, исходя из объема использованных товаров (в литрах безводного этилового спирта) и ставки акциза, установленной п. 1 ст. 193 Кодекса в отношении этилового спирта, реализуемого организациям, уплачивающим авансовый платеж акциза.
Согласно ст. 193 Кодекса ставка акциза на спирт этиловый, реализуемый организациям, уплачивающим авансовый платеж акциза, установлена в размере 0 руб. за 1 литр безводного этилового спирта.