Организация вправе выставлять счет-фактуру, подписанный не руководителем или главным бухгалтером, а уполномоченным лицом.
Об этом - письмо УФНС РФ по г. Москве от 10.02.2007 N 19-11/000815
На основании п. 3 ст. 168 НК РФ при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав налогоплательщик обязан выставить покупателю счет- фактуру не позднее пяти дней, считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг) или со дня передачи имущественных прав.
Согласно п. 1 ст. 169 НК РФ счет-фактура является документом, служащим основанием для принятия покупателем предъявленных продавцом товаров (работ, услуг), имущественных прав (включая комиссионера, агента, которые осуществляют реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав от своего имени) сумм НДС к вычету в порядке, предусмотренном гл. 21 НК РФ.
В соответствии с п. 2 ст. 169 НК РФ счета-фактуры, составленные и выставленные с нарушением порядка, установленного п. п. 5 и 6 данной статьи, не могут являться основанием для принятия предъявленных покупателю продавцом сумм налога к вычету или возмещению.
Форма счета-фактуры приведена в Правилах ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по НДС, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914.
Согласно п. 6 ст. 169 НК РФ счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иным лицом, уполномоченным на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.
В случае если счет-фактура подписан уполномоченным лицом, после подписи необходимо указывать фамилию и инициалы лица, подписавшего соответствующий счет- фактуру.