При уплате налога на доход, полученный от реализации научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, выполняемых организациями на основе хозяйственных договоров, НДС не учитывается.
Письмо Минфина РФ от 09.10.2007 N 03-07-11/464 сообщает следующее.
Согласно пп. 16 п. 3 ст. 149 Налогового кодекса Российской Федерации от налогообложения налогом на добавленную стоимость освобождаются операции по реализации научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, выполняемых учреждениями образования и научными организациями, независимо от источника их оплаты.