Согласно пп. 12 п. 2 ст. 149 НК РФ операции по реализации ценных бумаг налогообложению налогом на добавленную стоимость не подлежат.
Об этом Письмо Минфина РФ от 27.06.2007 N 03-07-05/38.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 146 Налогового кодекса Российской Федерации объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, а также передача имущественных прав.
С 1 января 2007 г. на основании п. 4 ст. 168 НК РФ при осуществлении товарообменных операций, зачетов взаимных требований, при использовании в расчетах ценных бумаг сумма налога на добавленную стоимость, предъявляемая налогоплательщиком покупателю товаров (работ, услуг, имущественных прав), уплачивается налогоплательщику на основании платежного поручения на перечисление денежных средств. В связи с этим при использовании в расчетах за приобретаемое имущество акций сумму налога на добавленную стоимость по этому имуществу банку следует перечислить продавцу имущества (Росимуществу) на основании платежного поручения.
По вопросу исполнения банком обязанностей налогового агента при осуществлении указанных операций специалисты Минфина сообщают, что в соответствии с действующим порядком применения налога на добавленную стоимость налоговые агенты уплачивают налог за органы государственной власти и управления при оказании ими услуг по сдаче в аренду федерального имущества. При реализации имущества органы государственной власти и управления, в том числе Росимущество, уплачивают налог на добавленную стоимость самостоятельно в общеустановленном порядке.
Что касается определения налоговой базы по налогу на добавленную стоимость при реализации банком указанного имущества, то налоговую базу при его реализации следует определять в порядке, установленном п. 1 ст. 154 НК РФ.